《菌物学报》主要刊登我国菌物学（包括真菌、粘菌、卵菌）研究领域在理论上和实践上的最新研究成果。报道内容包括菌物多样性、系统分类学、起源与进化、菌物区系地理学、生态学、遗传学、生理学、生物化学、濒危菌物物种保护生物学以及食药用真菌、有毒真菌、真菌毒素、人类病原真菌、植物病原真菌、兽医真菌、互惠共生菌物等方面的研究论文、简报和综述。
