《石河子大学学报(自然科学版)》前身为1975年石河子农学院编辑出版的《兵农科技》(油印本)，1976年更名为《科技通讯》(铅印本)。后在出版《科技通讯》40期的基础上，于1983年创刊编辑出版了《石河子农学院学报》。1985年获得ISSN中国国家中心分配的国际标准连续出版物号ISSN 1000-2855，1997年5月变更为ISSN 1007-7383。
1986年经新疆维吾尔自治区文化厅进行了期刊登记，获准编辑出版，批号新字第872号，1988年变为新疆维吾尔自治区期刊登记证第872号。
1986年获取美国国际CODEN中心分配的国际期刊刊名CODEN代码：SNOXEQ，1997年变更为SXZKFB
1994年1月获批《石河子农学院学报》国内统一刊号CN 65-1161/S，国科通[1994]5号文，季刊，80页。
1997年1月经新疆维吾尔自治区出版局批准，《石河子农学院学报》更名为《石河子大学学报(自然科学版)》(国科发信字[1997]019号文)，国内统一刊号变更为CN 65-1174/S，2000年变更为CN 65-5009/N，2007年变更为CN 65-1174/N。
期间，1983年和1987年为年刊，1984-1986年、1988-1989年为半年刊，1990-1991年每年3期，1992年改为季刊。经新疆维吾尔自治区新闻出版局批准，2001年学报页码增至94页，2004年由季刊变更为双月刊，2005年页码由92页增至132页。
二、基本现况
石河子大学学报(自然科学版)》是石河子大学主管、主办的综合性自然科学类学术期刊。本刊的办刊宗旨是：立足本校，面向国内外，注重学术性，及时报道最新的科技研究成果，促进国内外学术交流与合作，为教学、科技的进步和社会发展服务。现设有研究前沿、化工·材料·食品、机械·电气工程、农业·林业、畜牧·兽医、水利·建筑工程、生物·环境、医学·药学、计算机技术·信息工程、数学·物理10个栏目。
本刊已入编北京大学《中文核心期刊要目总览》和中国科技核心期刊，连续荣获“中国科技核心期刊”、“中国高校优秀科技期刊”等称号。目前被美国《化学文摘》(CA)、日本《科学技术振兴机构数据库》(JST)、《中国科技论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《中国学术期刊网络出版总库》、《中国生物学文献数据库》、知网、万方、维普等各大数据库全文收录。
本刊现为双月刊，国内外公开发行，132页，逢双月25日出版，发行、交流覆盖全国98个省市图书馆、多所高校、图书馆及科研院所。
名誉主编：
陈学庚主 编：
代 斌副 主 编：
叶含春吴向未贾 鑫黄先忠执行编委：
王振华王维山朱明远张若宇张 波赵宗胜赵思峰编 委：
马本学马春晖王新春甘尚权孔秋生叶邦策吕树光乔 军刘 彤刘立平刘志勇刘怀锋刘晓东孙 伟孙 杰李 军李 锋李 韡李云开李发东李志刚杨 磊杨吉春坎 杂何 荣何明胜何新林谷新利张文举张立新张旺锋张学军张显峰陈 文周 伟单春会侯振安袁 俐郭旭虹郭淑霞黄 瑾曹 旭常永生彭小忠彭憬鞭蒋海军鲁为华鲁建江
