在中国质谱学会成立之前，于1980年9月出版了我国第一本质谱学期刊《质谱》，为中国质谱学会的成立准备了必要的条件。作为中国质谱学会的学术性刊物，进行了大量富有成效的学术交流，为促进我国质谱学事业的发展发挥了积极的作用。
自创刊以来，在中国科协、中国物理学会、中国科学院和主办单位的关怀下，在理事会的直接领导下，得到了全国广大质谱学工作者的大力支持，编委会和编辑部努力工作，同心协力，本刊经《质谱》—《质谱学杂志》—《质谱学报》，不断健康成长。
《质谱学报》随质谱学会的改选几经更换办刊地点，伴随着学会的发展壮大而成长。现在《质谱学报》是经国家科委批准，中国质谱学会、北京中科科仪股份有限公司共同主办的专业性学术期刊。
名誉主编：
郑兰荪 院士
厦门大学
质谱仪器研制及应用
刘淑莹 研究员
中国科学院长春应用化学研究所
质谱学、有机质谱分析
主编：
陈洪渊 院士
南京大学
质谱成像、质谱仪器研制及应用
常务副主编：
汪福意 研究员
中国科学院化学研究所
质谱成像、二次离子质谱、蛋白质组学
副主编：（按姓氏拼音排列）
丁传凡 教授
宁波大学
质谱仪器研发及应用
郭寅龙 研究员
中国科学院上海有机化学研究所
有机质谱分析
杭纬 教授
厦门大学
质谱仪器研制、无机质谱、质谱成像
李赏 正高级工程师
北京中科科仪股份有限公司
超高真空获得技术研发及应用
刘倩 研究员
中国科学院生态环境研究中心
环境质谱分析
潘远江 教授
浙江大学
气相离子化学、有机质谱基础
再帕尔·阿不力孜 教授
中央民族大学
代谢组学、质谱成像、药物分析
编委会顾问委员：
江桂斌 院士
中国科学院生态环境研究中心
环境质谱分析
李金英 研究员
中国核工业集团有限公司
无机质谱分析
庞国芳 院士
中国检验检疫科学研究院
质谱技术在食品领域的应用
钱绍钧 院士
中国人民解放军总装备部科技委
核试验的放射化学诊断技术
张新荣 教授
清华大学
无机质谱分析、质谱仪器研制、质谱成像
张玉奎 院士
中国科学院大连化学物理研究所
色质联用技术、蛋白质组学
