学校于1954年8月30日成立“复旦大学学报编委会”，1955年4月1日正式创刊《复旦学报(自然科学)》，1961年没有出刊，1962年改名为《复旦大学学报(自然科学)》，1967～1972年停刊。1973年复刊并变更名称为《复旦学报(自然科学版)》，编辑者为复旦大学自然科学学术研究委员会。从1974年起由不定期刊物改为季刊，每年出版4期，逢3、6、9、12月的25日出版。从1994年起由季刊改为双月刊，每年出版6期，逢双月25日出版。在原有中文摘要、正文、参考文献、英文摘要等基础上，增加图题、表题的英文对照。目前本刊为中文刊物，国际刊号为ISSN 0427-7104;国内统一刊号为CN31-1330/N。
《复旦学报(自然科学版)》是复旦大学主办的自然科学综合性学术刊物(双月刊,国内外发行)。主要刊登数学、物理学、化学、生命科学、计算机科学、材料科学、环境科学、信息科学(通信科学、电子工程学、微电子学、光科学、生物医学工程)、管理科学等领域的基础研究和应用研究方面的学术论文、研究快报、研究简报和综述等。主要任务是反映复旦大学自然科学类各学科的最新科研成果,为繁荣和发展复旦大学的科技事业服务,为我国社会主义现代化建设服务。也部分收取国内外具有原创性的优秀论文,促进国内外学术交流。读者对象是国内外科技工作者, 高等院校理、工、医等学科教师和研究生。目前本刊被Scopus、CA、JST、CSCD扩展版、知网、万方、维普、超星、北京大学《中文核心期刊要目总览》等收录，2020、2022、2024年度中国高校科技期刊示范案例库“百佳科技期刊”。
各学科编辑联系方式：
1. 数学、计算机科学与技术、力学与航空科学与工程、管理科学(偏数学或运筹学方向)稿件 联系袁成英楼126室 朱老师zhujx@fudan.edu.cn ;生命科学、生态学稿件联系袁成英楼126室 刘老师 liudx@fudan.edu.cn 021-65642666
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3.编务： 刘老师，126室，021-65642666
主 任 委 员: 赵东元
副主任委员: 曾 璇，唐 颐
主 编: 唐 颐
副 主 编: 雷 震，林鑫华，迟 楠，陈建民，孙大林，姜育刚
委 员:(以姓氏笔划为序)
丁光宏，马志军，王久存，王 迅，艾剑良
左志燕，卢宝荣，付彦伟，他得安，朱传琪
朱崇业，孙大林，孙 鑫，杨玉良, 杨雄里
吴 翔，冷思阳, 汪源源，迟 楠，张善端
陈建民，陈 涛， 陈恕行，范龙振，林鑫华
金 力，赵世民，赵东元，钟 江，姜育刚
徐以汎，徐 雷，唐 颐，黄大鸣，曹志伟
程 晋，曾 璇，雷 震，裴海燕，黎占亭
