《水生态学杂志》创刊于1981年，由中华人民共和国水利部主管、水利部中国科学院水工程生态研究所主办，主要报道与水生态系统及其生态过程相关的各学科原创性研究成果，刊载典型污染物的生态学效应、水生态修复技术、水体富营养化防治、水景观生态格局、水环境污染防治、生态毒理与生物监测、水文水资源、生物多样性保护、鱼类生态学、生态渔业等方面的原创性科研论文和综述，是水资源、水环境和水生态保护领域的学术平台。
1981年，为总结交流水库渔业生产技术经验和科研成果，普及水库渔业的科技知识，促进全国水库渔业工作的开展和水库商品鱼基地的建设，在一些知名专家学者的倡导下，当时的水利部工程管理局和水利部工程管理中心(湖北省丹江口市)联合创办了技术性科技期刊《水库渔业》。
1986年，在水利建设和水利综合经营深入发展中水利部门需要研究解决的渔业问题和需要扩大的渔业生产领域越来越多，《水库渔业》顺应形势的变化，更名为《水利渔业》。
1994年，因主办单位职能发生变化，为更有利于《水利渔业》的发展，杂志改由水利部中国科学院水工程生态研究所(原水利部中国科学院水库渔业研究所)主办，编辑部迁至武汉市。
2008年5月，水工程生态研究所为适应国家建设生态文明的大政方针和水利部可持续发展水利政策的需要，经报请水利部同意、国家新闻出版总署批准，《水利渔业》更名为《水生态学杂志》，并由技术性科技期刊改为学术性科技期刊。
顾 问：曹文宣矫 勇王 超钮新强杨志峰夏 军邓铭江
黄国和董哲仁
主 编：李德旺
副主编：贾金生郑丙辉万成炎
委员(按姓氏笔画排列)：
王 威王 俊王卫民王方清王丽婧王剑伟王殿常
牛天祥白音包力皋朱 滨朱党生江 南刘兆孝刘其根
刘晓波刘德富庄 平孙大东李 云李 伟李 轶
李键庸吴生桂邹桂伟谷孝鸿肖文发陈 进陈 敏
陈 磊陈小娟陈宇顺陈求稳陈国柱张 荣张 晶
张俊友欧阳志云金 弈周 维周刚炎周建中赵进勇
赵依民赵艳民赵淑清钟 勇袁建平徐德毅黄应平
黄道明常 杰隋 欣韩德举彭建华董方勇喻卫奇
傅菁菁谢 平赖 波廖小林熊 文熊 明潘晓洁
戴向荣David Mark Johnson(美国)
